医院设有心血管疾病诊治中心、神经内科、肝胆胰内科、急诊内科、胃肠内科、内分泌代谢科、呼吸科、急诊外科、手足外科、肝胆胰外一科、肝胆胰外二科、烧伤外科、心脏外科、神经血管病外科、神经肿瘤外科、神经创伤外科、脊柱外一科、脊柱外二科、胸外科、骨关节外科、运动医学科、创伤骨科、整形美容科、血管外科、泌尿外一科、泌尿外二科、肾病科、乳腺外科、胃结直肠肛门外科、甲状腺外科、肿瘤中心、感染症科、风湿免疫科、妇科、产科、儿科、老年病科、放疗科、重症医学科（ICU）、男科、眼一科、眼二科、耳鼻咽喉头颈外科、基因诊断中心、药学部、消毒供应中心、PET-CT中心、病案室、制剂室、内镜中心、中心研究室、输血科、病理科、核医学科、放射科、检验科等临床科室和医技科室。

一、国家重点学科：心血管内科、神经内科、肿瘤科、血液科、呼吸科、肝胆胰外科、耳鼻咽喉头颈外科。

二、国家临床重点专科：血液肿瘤科、手足外科、呼吸与危重症医学科、急诊内科、肝胆胰外科、胃结直肠肛门外科、麻醉科、放疗科、泌尿外科、整形外科。

三、国家重点建设学科：胃结直肠肛门外科。

四、国家临床重点专科建设项目：神经内科、肝胆胰内科。

五、吉林省重点学科：胃肠内科、手足外科、中医科、肝胆胰外科。

六、吉林省临床重点专科：呼吸科、手足外科。

七、长春市临床重点专科：麻醉科。

八、吉林大学重点学科：肝胆胰外科、脊柱外科。

九、吉林大学临床重点专科：麻醉科。

十、吉林大学临床重点培育专科：康复科。

一、优势病种：心律失常、先天性心脏病、急性心肌梗死、冠心病、高血压、脑血管病、认知障碍、癫痫、神经免疫与神经感染病、周围神经肌病、神经遗传病、睡眠障碍、眩晕、运动障碍、乳腺癌、胃肠道肿瘤、胸部肿瘤、妇科肿瘤、肝癌、泌尿生殖系肿瘤、头颈部肿瘤、淋巴肿瘤、慢性阻塞性肺疾病、哮喘及变态反应性疾病、感染性肺疾病、肺癌、间质性肺疾病、肺血管疾病、睡眠疾病、原发性硬化性胆管炎、自身免疫性胆管炎、自身免疫性胰腺炎、胆管消失综合征、肝小静脉闭塞病、肝豆状核变性、急慢性胃炎、功能性消化不良、胃食管反流病、消化性溃疡、胃肠肿瘤、成人创伤性臂丛神经损伤、小儿分娩性臂丛神经损伤、四肢皮肤缺损与肿瘤、周围神经损伤、手足先天畸形、四肢软组织缺损、足踝骨折、足跟痛、足拇外翻、胰腺病、肠梗阻、直肠良性肿瘤和早期恶性肿瘤、泌尿系肿瘤、前列腺增生症、前列腺癌。

二、优势技术：冠心病介入治疗技术、房颤/房扑/室速等复杂心律失常的导管射频消融、心律失常植入式器械治疗、拇（手）指再造、断肢（指）再植、四肢软组织缺损修复、周围神经损伤后的功能重建、手足部类风湿性关节炎的外科治疗、巨大肝癌切除、扩大半肝切除、肝全尾叶切除、腹腔镜胆囊切除、胆道探查取石、脾切除、胆肠吻合、肝囊肿/肝脓肿开窗引流术、高难度的腹腔镜肝切除、胰腺肿瘤切除、无张力疝修补术、肠梗阻导管、经肛门内镜微创手术、腹腔镜泌尿外科手术、经皮肾镜钬激光及双导管碎石术、经尿道前列腺、膀胱肿瘤手术、器官修复再造、眼睑畸形的整形修复。