医院设有心血管内科、神经内科、血液内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、肾内科、胃肠外科、脊柱外科、中医妇科、胸外科、烧伤外科、妇产科、儿科、老年病科、肿瘤科、风湿免疫科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、营养科、康复医学科、急诊科、病理科、器官移植科、感染科、泌尿外科、创伤骨科、等临床科室和医技科室。

一、国家级重点学科：消化内科、泌尿外科、心血管外科、烧伤外科、中医肿瘤科、中医内科、中医外科、影像医学科、肛肠外科二病区、（脑外科）神经外科、整形外科。

二、全军及上海市重点学科：心血管内科、血液内科、肛肠外科一病区、肛肠外科二病区、血管外科、神经外科、整形外科、麻醉科、耳鼻喉科。

三、国家“211工程”重点建设学科、国家重点建设学科：胸心外科。

四、国家教育部高等学校中西医结合（临床）重点学科：肿瘤科。

五、国家中医药管理局中医内科重点学科：中医内科、肿瘤科。

六、国家中医药管理局中西医结合重点学科：肛肠外科。

七、国家中西医结合（临床）重点学科：中医外科。

八、国家临床重点专科：麻醉学、整形外科。

九、国家211工程重点大学的重点学科：耳鼻喉科。

十、上海市医学重点学科：消化内科。

十一、上海市重点学科：泌尿外科。

十二、上海市医学领先学科：胸心外科。

十三、上海市医学领先专业重点学科：烧伤科。

十四、第二军医大学重点培育学科：整形外科。

十五、第二军医大学“211”工程重点建设学科：血液内科。

十六、军队“2110”工程重点建设学科：消化内科。

十七、中国人民解放军肛肠病重点学科、海军军医大学重点学科：肛肠外科。

一、优势病种：早期消化道肿瘤、炎症性肠病、泌尿系结石、肾癌、膀胱癌、肾移植、男科疾病、前列腺、心脏瓣膜病、冠心病、大动脉瘤、先天性心脏病、食管癌、结直肠癌、胰腺癌、肺癌、急慢性肝炎、黄疸、肝硬化、脂肪肝、糖尿病、各种烧伤、难愈性创面、软组织损伤、原发性肝癌、慢性肝病、炎症性肠病、糖尿病、恶性肿瘤、化疗性静脉炎、放化疗毒副作用、慢性难愈性创面、皮肤疾病、直肠癌、结直肠间质瘤、淋巴瘤、恶性黑色素瘤。

二、优势技术：胰腺癌内镜诊疗新技术、重症急性胰腺炎“4M”综合救治模式、慢性胰腺炎P-ESWL术、普胸疾病微创手术、气管/支气管手术、胸部肿瘤的外科治疗、中药外敷、创面修复、重症医学及多发伤和复合伤救治、中医药预防小肝癌根治术后复发、华蟾素注射液灌注治疗中期肝癌、肿瘤局部治疗、中药结合射波刀治疗、个体化中医药治疗晚期肝癌、中药外敷治疗肝癌癌痛、中药退黄（治疗难治性黄疸）、中药抗肝纤维化（治疗各种肝硬化）、中药免疫调控联合西药抗病毒（治疗病毒性肝炎）、口服联合灌肠治疗溃疡性结肠炎、中西医结合防治糖尿病并发症。