医院设有肾脏内科、呼吸科、感染科、神经内科、老年病科、普通外科(肛肠外科专业)心脏外科、泌尿外科、骨科(足踝外科)伤科、皮肤科、小儿内科、小儿外科、临床营养科、心理科、瑞金医院器官移植中心、瑞金医院胃肠外科中心、乳腺疾病诊治中心、生殖医学中心血液净化中心、功能神经外科中心、心内科、胸外科、放射介入科、足踝外科、肿瘤科、超声科、放射科、核医学科等临床科室与医技科室。

一、国家教育部重点学科：血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学。

二、国家临床重点专科：消化内科、心血管内科、内分泌科、血液科、肾脏内科、神经内科、呼吸内科、骨科、普外科、儿科消化专业、皮肤科、烧伤科、感染科、肿瘤中心、老年病科、中医肿瘤、重症医学科、急诊科、麻醉科、临床护理、检验科、放射影像。

一、优势病种：老年性痴呆、肌病、功能性垂体腺瘤、帕金森病及其他运动障碍、顽固性癫痫、顽固性精神疾病（如强迫症、焦虑症、抑郁症）、脑瘫、顽固性疼痛、颅底肿瘤、椎管内肿瘤、颅脑外伤、高血压脑出血、胰岛素抵抗、2型糖尿病、IGT、肥胖、异常脂血症、原发性高血压、冠心病、急性白血病。

二、优势技术：冠心病的介入治疗、电生理检查、射频消融术、起搏器安装术、难治性心力衰竭、高脂血症的个体化治疗、冠状动脉经皮成形术(PTCA)及支架术、二尖瓣球囊扩张术、面肌痉挛/三叉神经痛/舌咽神经痛的微血管减压手术、垂体腺瘤的微创治疗、白血病化疗、特异性诱导分化和凋亡治疗、造血干细胞移植。