医院设有消化内科、心血管内科、神经内科、呼吸内科、内分泌科、血液内科、心血管外科、肿瘤科、肾脏病科、神经外科、泌尿外科、胸外科、骨科、胰胆病区、肝胆病区、胃肠病区、妇产科、小儿科、康复医学科、重症医学科、烧伤整形科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、高压氧科、中医科、放射治疗科、地方干部贵宾病房、伽玛刀中心、PET/CT中心、超声科、核医学科、检验科（实验医学中心）、输血科、医学影像科、麻醉科、病理科、实验医学中心、生化科、微生物免疫科、细胞与分子科、中心实验室、转化医学科、干部病房、急诊科、门诊部、营养科、药剂科、医学工程科、感染控制科、临床药学科、医疗科等临床和医技科室。

一、国家中医药管理局重点专科：截瘫康复科。

二、四川省重点学科：消化内科、普通外科、神经外科、心血管外科、临床检验诊断科。

三、全军医学专科中心：全军普通外科中心、全军脑肿瘤微创诊治中心、全军肝病诊治中心、全军神经外科麻醉中心、全军截瘫诊治康复中心。

四、成都军区医学专科中心：军区消化内科中心、军区麻醉与复苏中心、军区肿瘤诊治中心、军区临床医学检验中心、军区成都药学研究中心、军区心血管外科中心、军区神经血管疾病诊治中心、军区脊柱外科中心。

一、优势病种：截瘫、慢性肝病、肝硬化及其严重并发症、慢性胃肠病、胃癌、胰头癌、胰胆管结石、复发肝胆管结石、肝管癌、胆囊癌、急性重症胰腺炎、胰腺癌、慢性胰腺炎、艾滋病、流行性出血热、乙脑、散发性脑炎、麻疹、水痘、流行性传染性单核细胞增多症、耐药结核、结核性脑膜炎、淋巴结核、蛋白尿、血尿、急慢性肾炎、肾病综合征、高血压肾病、糖尿病肾病、风湿关节炎、系统性红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病、神经瘤、垂体瘤、颅面交通、脓毒症、休克、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、多器官功能障碍综合征（MODS）、心肌肉梗塞、急性冠脉综合征、DIC、前列腺癌、膀胱癌、肾癌、食管癌、肺癌、重症胸外伤、银屑病、白癜风、瘢痕、脱发、腋臭、小儿弱视、小儿近视、高度近视、白内障、青光眼、系统性红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病、带状疱疹、红皮病、淋病、梅毒、尖锐湿疣、生殖器疱疹。

二、优势技术：食管/胃肠及胆管狭窄的扩张术、支架置放术、逆行胰胆管造影（ERCP）、乳头肌切开术（EST）、介入性纤维支气管镜治疗技术、大动脉炎加瓣膜置换术、主动脉全弓置换/象鼻手术、外周血管病变手术、婴幼儿复杂先心病、停跳及不停跳冠脉架桥、动脉瘤人工血管置换或介入腔内隔绝、瓣膜置换/成形心脏手术、胰胆管结石/复发肝胆管结石/肝管癌及胆囊癌手术、全胰切除、胰头癌根治术、十二指肠镜逆行胰胆管造影术、十二指肠乳头切开胆道取石术、纤维胆道镜取石术和腹腔镜技术、腹腔镜下胆囊切除、肝外胆管取石和肝囊肿开窗引流术、面肌痉挛MVD术、颈内动脉内膜剥离及颅内外搭桥术、射频消融、冠脉造影、冠脉支架置入术、起搏器置入术、泌尿系肿瘤根治及原位膀胱术、复杂肾上腺手术、 老年高龄多系统并发症患者的阴式手术、阴式微创手术。