1946年4月，医院前身-哈尔滨市院卫戍区医院由原伪满洲国陆军满赤医院改建而成。

1948年春，医院更名为东北军区卫生部直属医院，并成为五官科专科学校附属医院。

1948年4月，原五官科专科学校更名为中国医科大学哈尔滨第二分校，医院随之更名为中国医大二分校附属医院。

1949年4月，中国医科大学哈尔滨第二分校与从吉林省延吉龙井迁移来的中国医大一分校合并，组建哈尔滨医科大学。医院随之更名为哈尔滨医科大学附属医院。

1952年，经中央军委决定，校院全体军人集体转业。医院正式划归东北人民政府卫生部领导。

1992年，医院被评定为国家三级甲等综合医院。

2018年12月4日，医院被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。

医院编制床位6496张，配有PETCT、宝石Ct、256层极速CT、西门子Avanto1.5T、飞利浦Achieva3.0TX-Serie、全自动摆药机、FD20血管造影系统、单光子发射型计算机断层仪、单光子发射型计算机断层仪、德国罗氏411型和双模E170电化学发光仪、美国雅培I2000全自动化学发光仪、美国惠普公司彩色多普勒超声仪、COBE血液细胞分离机、血液辐照仪等医疗设施。

近年来，医院承担国家和省重大科研项目千余项，获国家、部省级科技成果奖百余项。

医院是哈尔滨医科大学教学医院，有临床医学、口腔医学专业，设23个教研室、7个教研组，承担研究生、5+3学制、五年制、留学生及成人教育的临床教学任务；是国家（五星级）优秀示范临床教学基地、国家级住院医师规范化培训示范基地；现有博士导师77人、硕士导师337人，在院学生3000余人，年接收进修医师近500人。

医院设有呼吸内科、心血管内科、神经内科、消化内科、内分泌科、肾内科、血液内科、肿瘤内科、普外科、泌尿外科、心血管外科、胸外科、神经外科、风湿免疫科病房、感染科、骨科、整形美容外科病房、妇产科、儿外科儿科、眼科、耳鼻咽喉科、重症医学科、疼痛科、皮肤科、营养科、急诊急救中心、针灸科、康复科、中西医结合科病房、干部病房、医学检验科、病理科、放射线科、CT室、磁共振室、核医学科、超声科、腹部超声科、输血科、变态反应科、药学部等临床科室和医技科室。

一、国家临床重点专科建设项目：血液内科、心内科、神经内科、肾内科、神经外科、心脏大血管外科、普通外科、中西医结合肿瘤科、眼科、精神科、病理科、临床护理。

二、国家重点培育学科：普外科。

三、黑龙江省重点学科：内科学、外科学、神经病学、妇产科学、眼科学、临床医学。

一、优势病种：急性早幼粒细胞白血病（M3）、出凝血性疾病、淋巴瘤骨髓瘤、骨髓移植、再生障碍性贫血、急性淋巴细胞白血病、急性髓细胞白血病、功能区胶质瘤、脑干肿瘤、岩斜区肿瘤、顽固性癫痫、帕金森病、肌张力障碍、冠心病、高血压病、心律失常、终末期心脏病、先天性心脏病、心脏瓣膜病、冠状动脉疾病、老年肿瘤、直肠癌、角膜病、泪器病、白内障、青光眼、葡萄膜病。

二、优势技术：亚砷酸缓慢静点方法治疗急性早幼粒细胞白血病、半相合造血干细胞移植治疗高危组白血病、羟基脲脉冲治疗慢性粒细胞白血病、CIK治疗恶性血液病、中枢神经系统白血病无创防治、脑内囊性肿物引流、脑脓肿引流、微创心脏大血管外科技术、婴幼儿复杂先心病的外科治疗。