医院设有心血管内科、消化内一科、消化内二科、肾内科、风湿免疫科、内分泌科、血液内科、感染内科、神经内一科、神经内二科、胰腺炎诊治中心科、肝胆外科、胃肠外科、结直肠肛门外科、甲乳外科、疝与腹壁外科、血管外科、神经外科、胸外科、心脏外科、泌尿外科、男性科、移植科、骨科、创伤·关节外科、关节外科、脊柱外科、手外科·周围神经外科、伤骨科、烧伤科、整形科、伤口·治疗中心、肛肠外科、妇科、产科、儿科、生殖医学中心、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、急诊科、创伤外科、重症医学科、心脏重症监护室、呼吸与危重症医学科、放化疗科、介入科、核医学科、精神卫生科、全科医学科、干部保健科、康复医学科、医疗保健中心科、麻醉科、疼痛科、中医科、针推理疗科、皮肤科、体检中心、腔镜外科、检验科、放射影像中心科、超声影像科、药学部科、病理科、输血科、营养科等临床和医技科室。

一、浙江省医学重点学科：神经病学科、产科。

二、浙江省重点专科：中医风湿病专科。

三、浙江省中医药重点学科：急诊科。

四、浙江省医学重点扶植学科：急诊科。

五、浙江省十二五高校重点学科：急诊科。

六、温州医科大学重点学科：血液科。

七、医院重点学科：血液科、感染内科、口腔颌面外科。

一、优势病种：急慢性白血病、多发性骨髓瘤、再生障碍性贫血、重型肝炎、肝衰竭、癫痫、痴呆、风湿性/类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、痛风性关节炎、风湿寒性关节痛。

二、优势技术：外周血造血干细胞移植、外周血造血干细胞联合骨髓移植、脐血干细胞移植、急性中毒救治（有机磷农药、百草枯中毒等救治）、脓毒症规范化救治、心肺脑复苏救治、多器官功能衰竭防治、血管内介入治疗、颅底肿瘤切除术、运用游离背阔肌肌皮瓣修复面中部大面积缺损、上颌骨扩大切除眶下板、上颌骨重建术、产前保健、高危妊娠监测、优生优育咨询、导乐分娩、无痛分娩。