医院设有心血管内科、神经内科、呼吸与危重症医学科、内分泌科、消化内科、肝胆内科、肾病内科、血液科、普通外科、肝胆外科、骨一科、骨二科、心胸外科、神经外科、泌尿移植学科、肿瘤科整形、烧伤外科、妇产科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、侨宾科、门诊部、急诊科、干部病房一科、干部病房二科、干部保健科、中医理疗科、麻醉科、血液净化科、生殖医学中心、干细胞治疗中心、糖尿病诊疗中心、癫痫中心、核医学科、医学影像科、超声诊断科、放疗科、病理科、检验科、输血科、实验科、药学科、医学工程科、高压氧科、比较医学科、营养科等临床科室和医技科室。

一、国家级重点学科：肿瘤科。

二、全军重点学科/基地：全军临床检验医学研究所、全军器官移植研究所、全军儿科疾病诊治中心、全军妇产科中心、全军微创神经外科中心、全军计划生育优生优育研究所、全军临床药理基地、全军医院信息化研究与技术支持基地、全军卫生音像制作基地、全军器官移植临床护理示范基地。

三、南京军区重点学科：南京军区肝胆外科研究所、南京军区普通外科研究所、南京军区骨科研究所、南京军区肿瘤中心、南京军区药学中心、南京军区肾脏病中心、南京军区病理中心、南京军区呼吸病中心、南京军区中医中心、南京军区消化内科中心、南京军区医学影像中心、南京军区糖尿病诊疗中心、95临床部南京军区烧伤医学中心。

一、优势病种：肾脏病、肝胆疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、颅脑疾病、老年病、心脑血管病、消化病、肿瘤、冠心病、高血压、高脂血症、顽固性心力衰竭、复杂性心律失常、晕厥、肾衰、难治性肾病综合征、IgA肾病、狼疮性肾炎、脊椎骨折、腰及颈椎间盘突出症、腰椎滑脱、脊柱侧弯、脊柱结核、血尿、蛋白尿、反流性食管炎、消化不良、肠易激综合症、脑动脉瘤、血管畸形、肿瘤、恶性肿瘤、女性尿失禁、盆底脱垂、妇科肿瘤、不孕症、更年期综合症。

二、优势技术：冠脉介入治疗术、经桡动脉冠脉介入术、急性胸痛、冠脉介入治疗、急性ST段抬高型心肌梗死、Ensite3000治疗室性早搏、室性心动过速、房颤的射频消融手术、房颤冷冻球囊消融术、埋藏式心内自动除颤仪（ICD）安置术、人工髋关节置换术、膝关节置换术、人工关节翻修术、血液净化技术、放射介入技术、病理诊断技术、微创技术、超声诊治技术、整形手术、隆胸术、面部除皱术、腹部脂肪切除术。