医院设有儿童重症医学科、新生儿科、感染科（三病区）、呼吸消化科（四病区）、神经内科（五病区）、心血管/内分泌/血液和肾脏专科（六病区）、儿骨科（七病区）、泌尿外科（八病区）、特需病房（九病区）、普外/新生儿外/神经外科（十病区）、儿童保健科、小儿妇科、耳鼻咽喉头颈外科、眼科、口腔科、皮肤科/康复医学科、中医科、门急诊部、麻醉科、放射科、检验科、病理科、药剂科、超声医学科、心电图室、脑电图室等临床科室和医技科室。

一、厦门市优势亚专科建设单位：新生儿科。

二、医院重点学科：中医科。

一、优势病种：儿童糖尿病、儿童肥胖症、甲状腺系统疾病、儿童性早熟、小儿急性及反复呼吸道感染、慢性咳嗽、小儿厌食、疳积、炎症性肠病、消化道溃疡大出血、食道狭窄、癫痫、病毒性脑炎、神经系统脱髓鞘病变、免疫性脑炎、格林巴利综合征、偏头痛、抽动障碍、心律失常、心肌炎及心肌病、川崎病、髋关节疾病、下肢畸形、膝关节内外翻畸形、马蹄足、肢体不等长、多并指（趾）畸形、漏斗胸、先天性肺囊肿、肺囊腺瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、畸胎瘤、急性嵌顿疝、肠梗阻、肠粘连。

二、优势技术：先天性畸形的矫正手术、新生儿体外膜肺(ECMO)技术、新生儿腹膜透析及肾脏替代技术（CRRT）、新生儿期先天性心脏病的手术治疗及围术期监护、无创和有创呼吸支持（包括CPAP、常频机械通气、高频机械通气等）、外周动静脉同步换血治疗、耳贴、中药穴位外敷、中药熏蒸、小儿胃镜肠镜技术、食道闭锁/膈疝及肺叶切除、先天性食道闭锁的腔镜手术、胆道手术、食道狭窄扩张术、四肢畸形矫正、单孔腹腔镜肾盂输尿管成形、腹腔镜下重复肾保留半肾的输尿管端侧吻合、各种微创输尿管膀胱再植。