1948年，医院前身-第二野战军中原卫生部直属医院二所创建。

1949年，医院随“刘邓大军”进入重庆市内。

1950年，时值西南革命大学成立，西南军政委员会发文批准西南卫生部“对西南人民革命大学卫生处组织机构意见”，同意该校附设六十至八十张病床之附属医院，属于该校卫生处执导。卫生处以西南人民革命大学、第二野战军女子大学医院的卫生人员和设备进行调整，组成西南人民革命大学附属医院。院址重庆化龙桥红岩村西南人民革命大学校部内（现为重庆市红岩村宋子文旧居）。

1953年8月，西南革命大学与中共西南局党校合并，更名为中共西南局党校医院。

1954年，医院移交重庆市卫生局，更名为重庆市第六人民医院。

1958年，为支援国家钢铁建设，重庆市第六人民医院迁往綦江县三江镇，更名为“重庆三江钢铁厂职工医院”。

1962年10月，三江钢铁厂停产，医院交还重庆市卫生局，恢复重庆市第六人民医院名称。

1980年6月，根据重庆市人民政府重府发[1980]81号文件，医院改为重庆市职业病防治院。

1985年11月，市卫科（85）字第046号文批准建立“重庆市工业卫生职业病防治研究所”，两块牌子、一套班子。

1988年，重庆市人民政府以重府函（1988）14号文复函中国船舶工业总公司“同意六八〇二医院调整迁入重庆市并入重庆市职业病防治院”建设。万县6802医院并入重庆市职业病防治院。

1991年，医院迁至重庆经济技术开发区建院，占地82亩，病床三百余张。

2001年，经重庆市政府批准，医院正式增挂：“重庆市中毒控制中心”和“南岸区花园路社区卫生服务中心”牌子，并开展工作。

2005年4月18日，卫办规财发（2005）80号文，将医院确定为：二类化学中毒救治基地。

2020年，医院成为重庆医药高等专科学校附属第一医院。

2021年，重庆煤炭职业病医院并入重庆医药高等专科学校附属第一医院。

医院编制床位800张，配有核磁共振、128排CT、DSA、高压氧舱等多种精良检查、治疗大型设备，以及全自动染色体扫描仪、全自动生化分析仪、气质联用仪、液质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪等医疗设施。

医院是重庆医药高等专科学校附属医院、南京医科大学公共卫生学院职业病与中毒研究院，是重庆医科大学、重庆理工大学等高校的教学医院，是国家级助理全科医生培训基地、市级住院医师规范化培训基地。

医院设有职业病与中毒医学科、感染性疾病科、内分泌代谢科、呼吸与危重症医学科、心血管内科、神经内科/老年医学科、肾脏内科、消化内科、普通外科/肝胆外科、骨科/胸心外科、泌尿外科、肿瘤科、神经外科、妇科/产科、儿科、眼科/耳鼻咽喉科、口腔科、疼痛科、皮肤科、中医科、全科医学科、麻醉手术科、急危重症医学部、康复医学科、体检中心、临床营养科、日间手术中心、介入导管室、护理专科门诊、药学部、实验医学中心、放射科、超声科、输血科、病理科、高压氧室、消毒供应室、卫生学评价科等临床科室和医技科室。

一、重庆市临床重点专科：眼耳鼻喉科、呼吸与危重症医学科、放射科。

二、重庆市重点学科：职业病中毒科。

三、南岸区临床重点专科：内分泌科、放射科、心血管内科、普通外科、中医科。

一、优势病种：放射性白内障、电光性眼炎、噪声聋、爆震聋、铬鼻病、眼外伤、翼状胬肉、青光眼、慢性气道疾病、肺部感染性疾病、胸部肿瘤、弥漫性间质性肺疾病、肺血管疾病、呼吸危重症、胸膜疾病、睡眠呼吸疾病、烟草依赖、儿童铅中毒、肝豆状核变性、各种类型糖尿病以及糖尿病急慢性并发症、甲状腺疾病及甲状旁腺疾病、生殖内分泌疾病、肾上腺疾病、垂体疾病、生长发育疾病、高血压、高血压急症、冠心病、各类型心衰、心律失常。

二、优势技术：全肺灌洗、支气管镜下大容量灌洗、支气管动脉灌注化疗与栓塞、肺癌的热消融技术、经支气管镜肿瘤介入治疗、气管/支气管支架置入术、食道pH值监测、咯血支气管动脉栓塞术、内科胸腔镜技术、经超声支气管镜透支气管壁穿刺术、自体富血小板凝胶、下肢动脉球囊扩张+支架植入术、甲状腺穿刺术、冠心病介入诊疗、永久心脏起搏器植入术、心律失常经导管消融术、冠状动脉旋磨术、血管内超声、肺栓塞介入诊疗、腹腔镜肝胆胰脾切除、腹腔镜胃/结直肠肿瘤根治、腹腔镜疝修补、微创治疗下肢静脉曲张、针刺、艾灸、推拿、点穴、穴位贴敷、耳穴压豆。