医院设有呼吸内科、消化内科、心血管内科肾内科、神经科、内分泌科、血液风湿免疫科、感染疾病科、普外科、骨科、肛肠科、泌尿外科、妇科、产科、生殖健康与不孕不育、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、心理科、手术麻醉科、皮肤科、急诊科、超声科、检验科、放射科、药剂科、病理科等临床科室和医技科室。

一、内蒙古自治区领先学科：新生儿科。

二、包头市重点学科：产科学、新生儿科学、呼吸内科学、结核病学。

三、医院领先学科：产科学、新生儿科学、呼吸内科学、超声医学。

四、医院重点学科：结核病学、泌尿外科学、肛肠病学、精神卫生学。

一、优势病种：肺结核及并发症、淋巴结核、咽喉及扁桃腺结核、骨结核、肠结核、肾结核、胰腺结核、皮肤结核、胸壁结核、结核风湿症、附件及子宫内膜结核、结核性脑膜炎、多浆腹腔积液、儿童结核病、各种宫内感染（TORCH）所致疾病、早产儿、消化道出血、新生儿感染、休克、败血症、DIC、NEC、、肺出血、新生儿寒冷损伤综合症、持续肺动脉高压、呼吸循环衰竭、妊娠期高血压疾病、前置胎盘、胎盘早剥、各种妊娠合并内外科疾病、产后出血、痔疮、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠脱垂、溃疡性结肠炎、肛门尖锐湿疣、先天性婴儿肛门闭锁、结直肠肿瘤、情感性精神障碍、神经症、酒依赖、酒精所致精神障碍、精神分裂症、老年性精神障碍、儿童精神障碍。

二、优势技术：气管镜下开展了气管、支气管内肿物开通术、气管、支气管良性肿物电切术、气道瘢痕狭窄切开松解术、气管/支气管狭窄球囊扩张术及冷冻术、支气管异物取出术、胸腔注入尿激酶防止胸膜粘连、对角线封闭治疗皮肤结核、脑脊液置换疗法治疗结脑、经皮肺穿肺结核空洞的介入治疗、CT及B超引导下肺组织活检、胸腹腔穿刺及注药术、胸膜活检术、心包穿刺术、结肠全系膜切除术（CME）、直肠全系膜切除术（TME）。