医院设有呼吸与危重症医学科、心血管内科、神经内科、消化内科、肾脏内科、普通外科、肝胆胰甲乳外科、胸外科、神经外科、泌尿外科、骨科、妇产科、儿内科、新生儿科、眼科和耳鼻咽喉科、口腔科、感染性疾病科、急诊医学科、康复医学科、重症医学科、门诊部、麻醉科、健康管理中心、皮肤科、检验科、药剂科、病理科、放射科（核医学科）、超声科、输血科、营养科等临床科室和医技科室。

一、重庆市市级临床重点专科：神经外科。

二、潼南区临床重点科室：呼吸与危重症医学科、心血管内科、放射科。

三、医院重点科室：泌尿外科、骨科、普通外科。

一、优势病种：慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、急慢性呼吸衰竭、慢性肺源性心脏病、支气管哮喘、支气管扩张症、胸膜疾病、原发性支气管肺癌、间质性肺疾病、高血压病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、各种原因导致急慢性心力衰竭、风湿性心脏病、各种心律失常、心肌炎、心肌病、血脂紊乱、主动脉夹层、外周血管疾病、先天性心脏病、扩张型心肌病、心包积液、颅脑损伤、血管淀粉样病变、烟雾病、听神经瘤、垂体瘤、脑膜瘤、椎管肿瘤、颅颈畸形。

二、优势技术：肺功能检测技术、胸腔闭式引流术、胸膜腔穿刺抽液（气）术、CT引导下经皮肺穿刺活检术、纤维支气管镜检查术、胸腔镜技术、呼吸机呼吸支持技术、心包穿刺手术、人工心脏起搏器植入术、冠脉造影术、冠状动脉支架植入术、脑内血肿立体定向软通道穿刺引流术、显微镜下脑内血肿清除术、神经内镜下脑内血肿清除术、脑动脉瘤夹闭术、脑血管畸形切除术、肾癌根治术、肾部分切除术、肾肿瘤剜除术、肾囊肿去顶减压术、腹腔镜下肾囊肿切除术、肾囊肿穿刺置管固化术、肾盂输尿管成形术、肾实质肾盂切开取石术、输尿管切开取石术及膀胱切开取石术、经皮肾输尿管镜钬激光（气压弹道）碎石取石术、经尿道输尿管镜/软镜输尿管结石、膀胱结石钬激光（气压弹道）碎石取石术、膀胱造瘘术、尿道会师术、前列腺癌根治性切除术、各类型骨折复位及内外固定术、脊柱颈/胸/腰段椎间盘突出症的手术治疗、人工髋关节/膝关节置换术、断肢/断指再植术、神经血管肌腱损伤移植、肝癌手术治疗、胃癌根治术D2、乳癌根治术、结/直肠癌根治手术。