医院设有脑病科、脾胃病科、心病科、内分泌科、肺病科、肿瘤科、肾病科、名老中医工作室、普通内科、骨伤科、脑外科、肛肠科、泌尿外科、普外科、胸外科、妇产科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻咽喉科、康复疼痛科、颈肩腰腿科、针灸科、放疗科、肝病科、重症医学科、急诊科、发热门诊、麻醉科、医学影像科、超声医学科、医学检验科。

一、江苏省中医临床重点专科：脑病科。

二、淮安市中医临床重点专科：脾胃病科、心病科、内分泌科、骨伤科。

三、淮安市中医临床重点专科建设单位：肺病科。

四、盱眙县临床重点专科：肿瘤科、眼科、泌尿外科、普外科。

五、盱眙县临床重点专科建设单位：脑外科、肛肠科。

一、优势病种：冠心病、高血压、心肌炎、心肌病、反流性食管炎、食管贲门失迟缓症、消化性溃疡、慢性胃炎、消化道出血、功能性消化不良、溃疡性结肠炎、十二指肠壅积症、胃肠道功能紊乱、混合痔、肛裂、肛瘘、慢性结肠炎、顽固性肛门瘙痒症、脑肿瘤、颅内血肿、脑积水、颅骨缺损、高血压性脑出血、肾结石、输尿管结石、膀胱结石、前列腺增生，急性、慢性前列腺炎、肾上腺肿瘤、肾癌、膀胱癌、前列腺癌、睾丸肿瘤、阴茎肿瘤；乳糜尿、肾积水、肾囊肿、输尿管狭窄、尿道狭窄、隐睾、女性压力性尿失禁、精索静脉曲张、男性外生殖器畸形、男性性功能障碍、男性不育症、鼻咽癌、小细胞肺癌、乳腺癌、非小细胞肺癌、乳腺癌、肠癌、恶性淋巴瘤、慢性阻塞性肺病、肺间质纤维化、肺癌、呼吸衰竭、支气管扩张、糖尿病、甲状腺疾病、血脂异常、肾上腺疾病、垂体疾病、肥胖症、低血糖症、大脑动脉狭窄、脑动静脉畸形等急慢性脑血管病，老年性痴呆、癫痫、抑郁、焦虑性神经症。

二、优势技术：腹腔镜胃肠穿孔修补术、腹腔镜疝修补术、腹腔镜胆囊切除及胆总管切开取石术、腹腔镜胃癌及大肠癌根治术、肝癌切除术、腹膜后肿瘤切除术、甲状腺癌及乳腺癌根治术、腹腔镜肾周淋巴管结扎术、腹腔镜隐睾下降固定术、经皮肾镜钬激光碎石术、经尿道输尿管软镜钬激光碎石术、经尿道前列腺剜除术、经尿道膀胱肿瘤整块切除术、显微镜下精索静脉结扎术、显微镜下输精管吻合术、隐匿性阴茎矫形术、前列腺系统穿刺活检术、经闭孔无张力尿道中段悬吊术、玻璃体切割术、白内障超声乳化术、白内障联合青光眼人工晶体植入术、视网膜脱离复位术、胬肉角膜缘干细胞移植术、玻璃体腔注药术、义眼台植入术、眼眶恶性肿瘤切除术、眼底荧光血管造影术、眼睑重睑术、小儿泪道探通术、脊柱后路内固定术、颈椎前后路减压内固定术、腰椎滑脱复位内固定术、腰椎间盘摘除术及腰椎融合术、人工椎间盘置换术、椎体成形术、人工半髋及全髋关节置换术、人工全膝关节置换术、髋臼骨折前后路内固定术、四肢创伤骨折髓内钉。