医院设有血液肿瘤一病区、血液肿瘤二病区（血液科）、心血管内科一病区、心血管内科二病区、心血管内科三病区、肾病消化内科、内分泌代谢科、呼吸内科、普通外科一病区、普通外科二病区、骨科一病区、骨科二病区、肛肠科、泌尿外科、妇科、产科一病区、产科二病区、产科三病区、产房、儿科一病区、儿科二病区、小儿康复科、新生儿重症监护室、眼科、耳鼻咽喉科、口腔牙科、精神科、急诊科、感染性疾病科、ICU、皮肤科、影像科、理疗科、激光室、PCR实验室、门诊手术室、检验科、遗传优生实验室、血液净化中心、彩超室、动态心电图室、动态血压/肺功能检查室、脑电图室、骨关节康复科、病理科、输血科、荣军优抚病区、长江院区、普通外科三病区（长江院区）、神经外科（长江院区）、神经内科一病区（长江院区）、神经内科二病区（长江院区）、神经内科三病区（长江院区）、神经内科四病区（长江院区）、全科医学科（长江院区）、创伤综合外科（长江院区）、骨科三病区（长江院区）、儿科三病区（长江院区）等临床科室和医技科室。

一、河南省重点专科：儿科、妇科、心内科、普外科。

二、商丘市重点学科：神经内科、妇产科。

三、商丘市重点培育学科：微创外科、心内科。

一、优势病种：冠心病、风湿性心脏病、心肌病、肺心病、高血压性心脏病、心律失常、心力衰竭、胆结石、胆囊炎、肝硬化、腹水、消化道出血、脾大、胰腺炎、肝胆脾胰肿瘤、腹腔各种肿瘤、食管癌、肺癌、气胸、贲门癌、支气管扩张症、肋骨骨折、乳腺炎、乳痛症、乳腺增生症、各种乳腺良恶性肿瘤、肢静脉曲张（老烂腿）、血管瘤、动静脉栓塞、肺栓塞、布加综合征、小儿肺炎、过敏性紫癜、神经系统感染、败血症、川崎病、脑梗塞、脑出血、脑炎癫痫、周围神经病、头晕、头痛。

二、优势技术：心脏冠状动脉造影、支架置入、心脏起搏器的安装、心律失常的射频消融治疗、腹腔镜胆囊切除术、胆总管切开取石、胸腔镜微创肺叶切除、食管癌切除、乳腺肿块微创旋切术、乳腺癌根治术、腹腔镜结直肠癌根治术、腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜全大肠切除术、腹腔镜疝无张力修补术、腹腔镜阑尾切除术、腹腔镜全子宫切除术、子宫肌瘤剔除术、卵巢囊肿剥除术、子宫内膜异位病灶切除术、输卵管成形术、宫腹腔镜联合下输卵管疏通术、宫腔镜下子宫内膜息肉切除术、子宫纵膈切除术、宫颈环扎术、妇科恶性肿瘤根治术、盆底重建术、复发性流产保胎、推拿按摩、针灸、艾灸、刮痧、拔罐、中药封包、穴位注射、贴敷治疗。