消化内科、血液内科、肾内风湿科、呼吸内科、内分泌科、心血管内科、神经内科、肿瘤科、传染科、普外科、骨科、胸心外科、泌尿外科、神经外科、烧伤整形小儿外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉-头颈外科、口腔外科、口腔内科、皮肤科、手术麻醉科、疼痛科、中医科、重症医学科（ICU）、急诊医学科、康复医学科、康复理疗针灸科、检验科、输血科、核医学科、医学影像科、病理科、心电检查科、脑电图室、高压氧科等临床科室和医技科室。

菏泽市重点专科：呼吸科、消化科、肿瘤科、妇产科、神经内科、麻醉科、骨外科、普外科、泌尿外科、心内科、儿科、重症医学科、神经外科。

一、优势病种：各种脑炎、脑膜炎、脊髓炎及周围神经疾病、癫痫、神经系统变性性疾病、胃肠道疾病、消化道肿瘤、功能性胃肠病、肝胆胰疾病、慢性阻塞性肺疾病、呼吸衰竭、肺源性心脏病、肺炎、肺癌、肺栓塞、巴瘤、乳腺癌、结直肠癌、食管癌、盆底功能障碍性疾病、羊水栓塞、妊娠合并心脏病、布加综合征、颈动脉疾病、胸主动脉疾病、腹主动脉疾病、冠心病、风心病、先心病、心肌病、高血压病、急慢性心力衰竭、各种心律失常。

二、优势技术：全脑血管造影技术、微创锥颅血肿抽吸引流术治疗脑积水/高血压性脑出血、脑血管病的血管内介入治疗、内镜下食管狭窄扩张术及食管支架植入术、幽门支架植入术、十二指肠支架植入术、结肠支架植入术、经内镜逆行胰胆管造影术（ERCP）、支气管镜下微创治疗、支气管肺泡灌洗术、生殖道畸形矫正术、经尿道腔内手术、腹腔镜肾上腺切除、肩/髋/膝人工关节置换术、髋/膝关节翻修术、踇外翻微创治疗、骨水泥椎弓根螺钉技术、脊柱结核/肿瘤后入路脊柱切除重建术、经皮穿刺微创脊柱椎弓根钉内固定技术、经股动脉插管选择性全脑血管造影术和脊髓血管造影术、经单鼻孔入路垂体腺瘤切除术、翼点入路切除鞍区巨大肿瘤。