医院设有心血管内科、神经内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、血液内科、风湿内科、耳鼻喉科、神经外科、烧伤整形科、泌尿外科、心脏外科、皮肤科、眼科、心胸外科、骨科、妇产科、小儿科、小儿外科、中医科、急诊科、口腔科、麻醉科、影像科、检验科、病理科、超声科等临床及医技科室。

一、国家重点专科：神经外科、重症医学科、中西医结合肿瘤科、普外科、临床护理、老年科。

二、国家中医药管理局重点学科：中医肿瘤病学。

三、安徽省重点专科：临床药学科、放疗科、医学检验科、口腔科、耳鼻喉科、妇产科、心脏外科、血液内科、心血管内科、康复医学科、骨科。

四、安徽省重点培育专科：肿瘤内科（西区）、骨肿瘤外科（西区）、麻醉科、消化内科、泌尿外科。

五、安徽省重点学科：心血管内科、血液内科、普外科、胸心外科、心脏外科、神经外科、妇产科、康复医学科、检验科、麻醉科。

六、安徽省重点发展学科：消化内科、麻醉科、口腔医学中心。

七、安徽省特色专科：儿外科、眼科、输血科。

八、安徽省立医院重点学科：呼吸与危重症学科、耳鼻咽喉-头颈外科。

一、优势病种：头皮/颅骨/脊柱先天性畸形、骨瘤、重症急性胰腺炎、缺血性中风、高血压、冠心病、糖尿病、脾胃病、肾病、甲状腺、乳腺癌、肝癌、马蹄肾结石、孤立肾结石、异位肾结石、移植肾结石、重复肾肾结石、白内障、青光眼、室上性心动过速、房扑、房颤、肥厚型梗阻性心肌病、心力衰竭（CRT）、慢性胃炎、胃食管反流病、消化性溃疡、肝硬化、病毒性肝炎、流行性出血热、感染性腹泻、肾病综合症、IgA肾病、急/慢性间质肾炎、狼疮性肾炎、过敏性紫癜肾炎、乙肝病毒相关性肾病、糖尿病肾病、血栓性疾病、白血病。

二、优势技术：颈总动脉脑血管造影、气脑造影、脑室空气造影、综合治疗、经皮穿刺扩张微创气管造口术、PICCO监测技术、肝癌精细肝切除术与非接触分离技术、射频消融术、腹腔镜肝切除、肝门部胆管癌根治术、活体肾移植术、全膀胱切除加原位新膀胱、肾癌根治并腔静脉癌栓取栓、保留后尿道的前列腺摘除术、心脏移植、心肺联合移植、不停跳的心内直视手术、腋下直小切口心脏直视手术、腋下小切口胸膜外动脉导管结扎术、二次血缘半相合型移植。