医院设有血液科、心血管内一科、心血管内二科、神经内科、内分泌科、消化科、呼吸内科、肾内科、风湿科、骨科脊柱与创伤病区、骨科关节与创伤病区、骨科手外显微病区、骨科运动与关节镜病区、胸心外科、神经外科、胸外科、肿瘤科、放疗科、普外科、泌尿外科、妇科、产科、生殖医学科、儿科、儿外科、眼科、耳鼻喉头颈外科、口腔科、麻醉科、急诊科、重症医学科、临床药学、核医学科、病理科、中西医结合科、皮肤科、全科医学科、老年病科一病区、老年病科二病区、烧伤整形创面外科、感染科、医疗美容科、中西医肛肠科、疼痛科、康复医学科、影像中心、医学检验科、临床营养科、药物临床试验机构、超声科、体检中心、血液净化科、内镜中心、120分站、远程会诊中心等临床科室和医技科室。

一、安徽省临床重点专科：骨科脊柱与创伤病区、骨科关节与创伤病区、骨科手外显微病区、骨科运动与关节镜病区、妇科、产科、生殖医学科。

二、安徽省临床特色专科：耳鼻喉头颈外科、康复医学科、心血管内一科、心血管内二科。

三、阜阳市临床学科：胸心外科、神经外科、胸外科、肿瘤科、放疗科、血液科、普外科、儿科、眼科、泌尿外科、神经内科、内分泌科、消化科、麻醉科、急诊科、呼吸内科、肾内科、重症医学科、临床药学、核医学科、病理科、中西医结合科、皮肤科、全科医学科、老年病科一病区、老年病科二病区、烧伤整形创面外科、感染科、医疗美容科、口腔科、中西医肛肠科、风湿科、疼痛科、儿外科。

一、优势病种：子宫肌瘤、妇科恶性肿瘤、子宫脱垂、张力性尿失禁、盆底功能障碍疾病、唐氏综合征生化筛查、产前遗传咨询、妊娠合并症和并发症、脊柱侧弯、脊柱畸形、膝关节骨关节炎、胫骨高位截骨矫形、皮瓣断肢再植、高血压、冠心病、心衰、心律失常、风湿性心瓣膜病、心肌病、肝癌、食管癌、胃癌、胆管结石、白血病、多发性骨髓瘤、恶性淋巴瘤、糖尿病、甲状腺疾病、急性脑梗死、垂体瘤、脑膜瘤、胶质瘤、肺部良、恶性肿瘤、膀胱肿瘤、肝硬化门脉高压、先天性心脏病、瓣膜病、心脏肿瘤。

二、优势技术：肾活检病理活检技、动静脉内瘘技、腹膜透析置管技术、冠状动脉造影、冠脉支架术、快速性心律失常射频消融术、内镜下粒子植入术、内镜粘膜切除术（EMR）及内镜粘膜下剥离术(ESD)、椎动脉支架植入术、经支气管镜针吸活检术（TBNA）、微创胸腔置管术等诊疗技术、塞丁格技术置入PICC穿刺术。