医院设有心血管内科、神经内科、呼吸内科、消化内科、肾病内科、血液科、心理卫生科、全科医学科、老年病科、内分泌代谢科、风湿免疫科、肝病科、疼痛科、感染科、中医科、普通外科、神经外科、泌尿外科、心脏外一科、心脏外二科、心脏外科CICU、骨科、胸外科、血管外科、整形外科、烧伤矫形科、体外循环科、康复医学科、肿瘤内科、肿瘤外科、放疗科、伽马刀治疗科、介入科、妇科、产科、生殖医学科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、儿童医院、急救中心、重症医学科、麻醉科、手术室、检验医学中心、放射影像科、核磁共振科、核医学科、病理科、超声医学中心、临床输血科、功能检查科、内镜中心、临床药学部等临床科室和医技科室。

一、国家临床重点专科：骨科、神经外科、普通外科、泌尿外科、急诊医学科。

二、甘肃省医疗卫生重点学科：肝胆胰外科、骨科、院后急救医学专业、神经内科、消化内镜治疗中心、肾病内科、神经外科、耳鼻喉科、小儿重症医学、麻醉科、皮肤科。

三、甘肃省临床医学中心：甘肃省眼科临床医学中心、甘肃省泌尿系疾病临床医学中心。

一、优势病种：脊柱创伤、运动损伤、椎间盘突出、椎管狭窄、脊柱结核、青少年特发性脊柱侧弯、先天性半椎体、椎体分节不全畸形、成人退变性侧弯、脊柱后凸畸形、枕颈部畸形、颈椎退变性疾病、腰椎退变性疾病、肝脏良恶性肿瘤、结直肠疾病、胃小肠疾病、泌尿系肿瘤、癫痫、帕金森病、功能障碍性疾病、疼痛、脑血管病、多发性硬化、视神经脊髓炎谱系疾病、重症肌无力、吉兰-巴雷综合征、自体免疫性脑炎、复杂头痛、周围神经及肌肉疾病、新生儿颅脑疾病、母源性疾病、多器官系统功能衰竭、足月儿呼吸窘迫综合征、遗传性肾脏病、肾小管间质疾病、继发性肾脏损害、腮裂瘘管、先天性胆脂瘤、喉部乳头状瘤、喉蹼及淋巴管瘤、鼻咽癌、喉癌、下咽癌、头颈部肿瘤、鼻中隔偏曲、鼻-鼻窦炎、心脏急诊、呼吸系统急诊、糖尿病急诊、消化系统急诊、神经系统急诊、各类中毒。

二、优势技术：脊柱矫形、颈椎创伤、畸形手术、颈椎人工椎间盘置换术、颈椎前路椎间盘切除减压融合术、颈椎前路椎体次全切除减压融合术、颈椎后路单开门减压椎管成形术、颈椎后路双开门减压椎管成形术、颈椎后路全椎板切除减压（融合内固定）术、通道辅助下微创腰椎后路减压（融合）术、椎间孔镜下微创髓核摘除术、腰椎侧方微创椎体间融合术（XLIF/DLIF）、脊柱肿瘤病灶清除重建、扩大半肝切除术、肝尾状叶切除术、前入路肝切除术、肝门部胆管癌切除术、肝癌射频消融术、门脉高压断流分流术、肝门胆管狭窄修复肝肠吻合术、胰十二指肠切除术、扩大胰体尾癌切除术、人造血管移植术、自体血管搭桥术、巨大胸骨后甲状腺肿切除术、复杂腹壁疝修补术、肿瘤联合脏器切除术、腹腔镜下肝切除术、腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下结直肠癌根治术、腹腔镜胆囊切除、胆管切开取石、小儿泌尿外科手术、男科手术、脊髓肿瘤的显微手术切除加内固定术、内镜下经鼻蝶垂体瘤、脊索瘤切除术。