医院设有心血管疾病诊治中心、脑血管疾病诊治中心、肿瘤疾病诊治中心、消化内科、内分泌科、呼吸内科、肾内科、感染疾病科、风湿科、骨科、胸乳甲外科、神经外科、泌尿外科、基本外科、妇科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻咽喉-头颈外科、皮肤科、过敏反应科、疼痛科、康复科、营养科、麻醉科、影像诊断中心、检验科、核医学科、病理科、输血科等临床和医技科室。

一、吉林市医学重点专科：循环内科、神经内科、肾内科、骨科、烧伤科、普外科、乳腺外科、儿外科、老年病科、耳鼻喉科、眼科、病理科、电诊科、麻醉科、内窥镜科、放射线科。

二、吉林市医学重点建设专科：呼吸内科、消化内科、神经外科、胸外科、妇产科、口腔科、临床检验科、临床护理、重症医学科。

一、优势病种：急性心衰、心源性休克、心绞痛、高血压、心律不齐、心力衰竭、心肌梗死、认知障碍、痴呆、头痛与失眠、癫痫、神经系统感染性疾病、肱骨外上髁炎（网球肘）、肱骨内上髁炎、颈椎病、腰椎间盘突出症，小儿各种先天性畸形、感染、肿瘤、创伤，玻璃体积血、复杂性视网膜脱离、增殖性玻璃体视网膜病变、大面积严重烧伤、呼吸道吸入性损伤。

二、优势技术：冠脉造影检查、经皮冠状动脉腔内成形术（PTCA）、冠脉支架置入术，心脏电生理检查及射频消融术（包括房颤的射频消融治疗）、先天性心脏病介入封堵术、人工心脏起搏器植入术（包括CRT、ICD、CRT-D）、IABP心脏循环辅助技术、腹膜透析、膝关节镜下手术、肩关节周围手术、手法复位良性位置性眩晕、经鼻脑垂体瘤切除术、鼻腔泪囊吻合术、视神经管减压术。