医院设有金陵名医馆、心血管病科、脾胃病科、肾病科（含血透室）、内分泌科、呼吸科、风湿病科、血液内科、普内科、肛肠中心、脑病科、妇科、肿瘤科（含放疗科）、针灸科、骨伤科、老年病科、普外科、甲乳外科、泌尿外科、胸心血管外科、妇科、产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、介入科、医疗美容科、神志病科、急诊科、重症医学科、感染性疾病科、治未病中心、养生康复科、皮肤病科、男科、推拿科、肝病门诊、炎症性肠病门诊、针刀专科门诊、肺小结节专病门诊、囊肿专病门诊、甲状腺疾病专病门诊、糖尿病足专病门诊、腱鞘炎专病门诊、骨坏死骨肿瘤专病门诊、疼痛门诊、内镜中心、炎性肠病、临床药学、体检中心、输血科、B超室、医学影像科、病理科、医学检验科、中心实验室、心电图室等临床科室和医技科室。

一、国家中医重点专科：肛肠科、脑病科、妇科。

二、国家临床重点专科（中医专业）：肛肠科、临床药学。

三、国家中医重点专科建设单位：肿瘤科、心血管病科。

四、国家重点专科培育项目：护理学、临床药学。

五、"十二五"国家卫生部临床重点专科：肛肠科。

六、国家中医药管理局"十五"、"十一五"、"十二五"重点专科、重点学科：肛肠科。

七、国家中医药管理局"十二五"重点专科：脑病科。

八、江苏省中医药重点学科：中医脑病学。

九、江苏省中医重点专科：骨伤科、针灸科。

十、江苏省中医重点专科建设单位：老年病科、急诊科。

十一、南京市中医重点专科：脾胃病科、肾病科、内分泌科、养生康复科。

十二、南京市中医重点专科建设单位：肺病科、风湿科。

一、优势病种：盆腔炎性疾病后遗症、子宫内膜异位症、陈旧性宫外孕、慢性盆腔痛、痛经、冠心病、高血压病、心力衰竭、动脉粥样硬化、高脂血症、心律失常、心肌病、心肌炎、肩腰腿疼痛、骨质疏松症、关节疾病、胃疡（消化性溃疡）、久痢（溃疡性结肠炎）、吐酸（反流性食管炎）、尿病肾病、糖尿病足病、甲状腺疾病、风湿性关节炎、干燥综合征、脊柱关节病、风湿热、系统性红斑狼疮、皮肌炎/多肌炎、系统性硬化、痛风、骨关节炎。

二、优势技术：阴道镜检查、宫颈聚焦超声治疗、宫腹腔镜检查及手术治疗、计划生育手术、子宫输卵管碘油造影、通液治疗、腹部手术、手术、化疗、放疗、免疫、介入、中医中药、靶向、冠状动脉造影及支架植入术、埋藏式心脏起搏器安置术。