医院设有肝病一科、肝病二科、肝病三科、肝病四科、感染一科、感染二科、感染三科、肺病一科、肺病二科、肺病三科、神经内科、呼吸内镜室、消化内科、肾内科、肿瘤血液科、心血管内科、神经外科、骨一科、骨二科、肝脏外科（肝移植科）、肝胆外科、胸外科、泌尿外科、胃肠外科、甲乳外科、慢病随访科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、全科医学科、皮肤科、麻醉科、营养科、血透室、重症医学科、急诊科、血液净化室、体检中心、药剂科、检验科、病理科、体检科、超声科、内镜中心、心电图室、放射科等临床科室和医技科室。

一、国家临床重点专科：感染科。

二、广东省重点专科：感染科、肺病科、检验科。

三、深圳市重点专科：肝病专科、肺病科。

四、深圳市重点学科：感染科、肝脏外科（肝移植科）。

一、优势病种：乙型肝炎、丙型肝炎、药物性肝炎、自身免疫性肝炎、酒精性肝炎、脂肪性肝炎、不明原因肝炎、肝硬化、肝衰竭、肝癌、遗传代谢性肝病、结核病合并肝病、糖尿病合并肝病、妊娠相关性肝病、失代偿性肝硬化并门静脉高压、脾功能亢进、难治性胸腹水、消化道大出血、艾滋病、梅毒、疟疾、登革热、立克次体病、危重流感、禽流感、重症手足口病、终末期肝病、重症疟疾、重症中枢神经系统感染、脓毒血症、小儿肝病、小儿发热皮疹查因、肺结核、淋巴结核、儿童结核病、结核性脑膜炎、泌尿生殖系统结核、肠结核、结核性腹膜炎、非结核分枝杆菌病。

二、优势技术：肝癌射频消融术、经颈静脉肝内门腔静脉分流术、肝脏穿刺活体组织检查术、肝癌肝动脉插管化疗栓塞术、原发性肝癌切除术、肝硬化门静脉高压的脾脏切除术、终末期肝病的肝移植、门静脉高压症的脾切断流及分流手术、侵犯腹腔主要血管的肝胆肿瘤扩大根治术、ALPPS、自体肝移植。