1951年，医院前身系中国人民志愿军第十兵站医院。

1953年，第十兵站医院改名为中国人民志愿军2405医院。

1954年，2405医院改名为521医院。

1958年4月，521医院集体转业来合肥，与合肥市卫生局第二门诊部合并，组建合肥市第二人民医院。

1959年，经全院职工手搬肩扛参加劳动，兴建病房大楼，11月竣工开诊，医院改名为“合肥市工人医院”。

1962年，恢复“合肥市第二人民医院”院名。

1970年12月，在“文化大革命”中，一度更名“合肥市工农兵医院”。

1978年10月，再次恢复“合肥市第二人民医院”院名。

2012年1月16日，医院新区正式开诊。

医院设有开放床位1700张，拥有3.0T磁共振、64排螺旋CT、直线加速器、大型C臂DSA系统、高档彩超、高压氧舱等设备。

一、近三年来医院获得包括安徽省科技进步三等奖在内的省级、市级科技奖10余项。

二、医院近年来承担了包括国家国家自然科学基金、省部级、市级科研项目等近200项科研项目。

近年来，医院发表高水平学术论文600余篇，其中中华系列论文和SCI论文40余篇，主编参编论著10余部，获批专利近10项。

一、医院拥有安徽医科大学、皖南医学院、安徽中医药大学硕士培养点20个，硕士导师45人，兼职教授19人、副教授50人。

二、医院是安医大附属合肥医院、硕士生培养点、安医大附属合肥医院技能培训分中心、山东大学医学院研究生合肥社会实践基地、安徽中医学院临床教学基地、省住院医师规范化培训基地、省县级医院骨干医师培训基地、省护理管理干部临床实践培训基地、省糖尿病、手术室、急诊急救、骨科专科护士临床实践培训基地，年培训医护人才1000余人。重视继续医学教育，近三年，获批国家级、省、市级继教项目100余项。

医院设有心血管内科、肿瘤内科、耳鼻喉科、泌尿外科、康复医学科、疼痛科、儿科、妇科、骨科、呼吸内科、老年医学科、内分泌科、普外科、神经内科、关节骨科、脊柱骨科、烧伤整形科、神经内科、肾内科、消化内科、胸心外科、眼科、中医科、肿瘤放射科、超声医学科、ICU、检验科、心电图室、高压氧综合科、麻醉手术科、医学影像中心、药学部、急诊科等临床科室和医技科室。

一、安徽省临床医学重点学科：神经内科、康复医学科。

二、合肥市重点专科：神经内科、内分泌科、介入血管科、护理学、麻醉科。

三、合肥市医学重点培育专科：心血管内科、呼吸内科、泌尿外科、骨科、康复医学科、耳鼻咽喉科、重症医学科、病理科。

一、优势病种：糖尿病、甲状腺疾病、代谢性骨病、垂体疾病、肥胖症、高脂血症、痛风、肾上腺肿瘤、肾癌、肾盂输尿管癌、膀胱癌、前列腺癌阴茎癌、压力性尿失禁、间质性膀胱、腺性膀胱炎、膀胱过度活动、重症肺部感染、肺栓塞、肺部肿瘤、关节周围骨折、难治性鼻出血、分泌性中耳炎、小儿鼾症、中枢神经系统感染性疾病、癫痫、冠心病、高血压病、肺癌、呼吸衰竭、肥胖、高脂血症、颅脑损伤、高血压脑出血、前列腺增生、急性心肌梗死、休克多发性创伤、重症急性胰腺炎。

二、优势技术：创穿刺技术治疗高血压脑出血、脑卒中亚低温治疗、肌肉活检、神经介入技术、复杂的先天性心脏病矫正术、腹腔镜下治疗术、多关节置换术、脑肿瘤切除术、断指再植术、冠状动脉支架植入术、急性心肌梗死急诊支架植入术，阵发性室上性心动过速、室性心动过速、房颤等导致心律失常的射频消融术，单双腔起搏器安置术、心室再同步化治疗、植入性体内除颤器安置术、先心病介入封堵术、经皮肾镜术、输尿管软（硬）镜术、体外冲击波碎石、修复重建骨、关节缺损及断指再植、泪前隐窝入路上颌窦病变切除术、手法复位治疗良性阵发性位置性眩晕。